La presencia de la Compañía de Jesús en Calatayud desde 1584, en que se inaugura el primer colegio hasta la expulsión en 1767, ha dejado en la ciudad, además de la iglesia de San Juan el Real, el antiguo Seminario de Nobles (hoy Hospital Municipal) y el colegio de la Compañía (hoy Hospicio Provincial). La iglesia, que bajo los jesuitas estuvo dedicada a la Virgen del Pilar, recibió la advocación de San Juan Bautista en 1770, cuando se trasladó a ella el culto de la antigua parroquia de San Juan de Vallupié, que se encontraba en estado ruinoso y hoy ya desaparecida. La iglesia responde al prototipo jesuítico de planta de cruz latina, con capillas entre los contrafuertes, comunicadas entre sí, y con tribuna sobre las mismas. Se aboveda con lunetos y cúpula sobre pechinas para el crucero, destacando la gran concha o venera que cubre el presbiterio.

Por su ornamentación y decoración de yeserías abultadas constituye uno de los interiores barrocos más fastuosos de Aragón. Es difícil determinar las etapas constructivas, que cobrarían auge a partir del importante legado realizado en 1665 por Pedro Pujadas, según ha documentado Rubio Semper. Tras la expulsión de los jesuitas, todavía se edificó la torre, entre 1774 y 1777, con cargo a otro legado de mosén José Jimeno, beneficiado de Ateca. La torre presenta en alzado tres cuerpos, de planta cuadrada, ochavada y octogonal, respectivamente, rematada en chapitel bulboso; pone un contrapunto de gallardía a las torres de Santa María y San Andrés.

Del tesoro artístico merecen destacarse dos piezas procedentes de la parroquial de San Juan de Vallupié. Una es la sillería mudéjar para presbítero, diácono y subdiácono, realizada en 1456 por los maestros moros, los hermanos Farax el Rubio y Brahem el Rubio. Otra es la talla de San Juan Bautista, en el retablo mayor, que procede del de la antigua parroquial de San Juan de Vallupíé, actualmente en el pueblecito de Sediles. Ángel San Vicente ha documentado este retablo, al que corresponde esta escultura, como obra importantísima de los escultores renacentista Damián Forment y Juan de Moreto, realizada entre 1534 y 1536. Aún merecen destacarse una Inmaculada, óleo sobre lienzo del siglo XVIII, la carpintería de puertas y calajes de 1 sacristía, y una notable colección de platería barroca.