Fue colegiata hasta 1632 en que se fundió su capítulo con el de Santa María. Está levantada en el solar del castillo de la Peña, habiendo sufrido por tal razón acuartelamientos de tropas en la guerra de la Independencia. La fábrica actual consta de partes mudéjares, obras iniciadas en 1343, y de ampliaciones barrocas.

La primitiva iglesia mudéjar, obra del siglo XIV, como se ha dicho, correspondía al prototipo llamado iglesia fortaleza, de nave única, con cabecera recta y tres capillas en la misma, más ancha y profunda la central, y capillas laterales entre las torres contrafuerte, con tribunas sobre las capillas. Es lo conservado en la parte de la cabecera, que sufrió bastante en 1362, con motivo de la guerra de los dos Pedros, rehaciéndose. Lo más importante son las yeserías mudéjares del siglo xv que revisten los muros de la capilla de San Francisco Caracciolo. Lo tres últimos tramos de la nave y las bóvedas de los dos primeros se rehicieron en época barroca.